Dưới thời chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên (1613-1635) khi nhà Nguyễn kéo vào lập đồn binh ở Sài Gòn (tức thành phố Hồ Chí Minh ngày nay), năm 1923 huyện Châu Thành ngày nay thuộc phủ Gia Định còn rất hoang vu, Khi Nguyễn Hữu Cảnh lập Gia Định phủ và đưa dân từ các phủ Ngũ Quảng (Quảng Bình, Quảng Trị, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Quảng Tín) vào Nam khai hoang, người Việt đi khai hoang lập ấp ở đan xen với các tộc người địa phương thuộc ngữ hệ Khơ-me và Mã-lai. Từ năm 1699 trở đi huyện Châu Thành chính thức thuộc Vũng Gù (thành phố Tân An ngày nay) nằm trong huyện Tân Bình, dinh Phiên Trấn, phủ Gia Định.

Năm 1705, Nguyễn Cửu Vân lập đồn điền ở Vũng Gù vào đào kênh thông từ Vàm Cỏ Tây sang Mỹ Tho (gọi là sông Bảo Định ngày nay).Năm 1802, Gia Long đổi phủ Gia Định thành trấn Gia Định, huyện Châu Thành ngày nay thuộc Vũng Gù, huyện Tân Bình, trấn Phiên An, phủ Bình ThuậnNăm 1832, huyện Châu Thành thuộc phủ Tân An, phủ lỵ đóng tại chợ Cai Tài, huyện lỵ Tân Thạnh đóng tại thôn Kỳ Sơn, làng Kỳ Xuyên (nay thuộc xã Bình Quới).Năm 1868, phủ lỵ dời về Vũng Gù (thành phố Tân An ngày nay) và huyện Châu Thành trở thành huyện Tân Thạnh với 2 tổng: Tổng Thanh Mục Thượng và Tổng Thạnh Hội Hạ.

Theo Nghị định ngày 29/11/1923 (do ông Lacognaco-người Pháp ký) đã thành lập một số làng ở huyện Châu Thành gồm:

• Làng Hoà Điều, làng Đa Phú (xã Hoà Phú ngày nay).
• Làng Bình Công Tây, làng Vĩnh Bình (xã Vĩnh Công ngày nay).
• Làng Bình Hạp, làng Gia Thạnh (xã Hiệp Thạnh ngày nay).
• Làng Dương Xuân, xóm Gia Hội (thôn Hội Hưng), (xã Dương Xuân Hội ngày nay).
• Làng Tân Lục, làng An Tập, làng Tân Long (xã An Lục Long ngày nay).
• Làng Thuận Lễ, làng Chí Mỹ (xã Thuận Mỹ ngày nay).
• Làng Vĩnh Thới, làng Xuân Đông (xã Thanh Vĩnh Đông ngày nay).
• Làng Bình Phước, làng Tân Bình, xóm Đồng Hưng (xã Phước Tân Hưng ngày nay).
• Làng Ngãi Phú, làng Bình Trị (xã Phú Ngãi Trị ngày nay).
• Làng Kỳ Xuyên, làng Bình Quới (xã Bình Quới ngày nay).
• Làng Long Trì (xã Long Trì ngày nay).

Đến năm 1956, chính quyền Sài Gòn sáp nhập 2 tỉnh Tân An và Chợ Lớn thành tỉnh Long An, sau đó đổi tên huyện Châu Thành thành quận Bình Phước, nhưng thời ấy Mặt trận dân tộc giải phóng Miền Nam vẫn giữ nguyên tên gọi huyện Châu Thành, lúc đó huyện có 17 xã gồm: Thanh Vĩnh Đông, Thuận Mỹ, Thanh Phú Long, An Lục Long, Dương Xuân Hội, Long Trì, Hiệp Thạnh, Vĩnh Công, Hoà Phú, Bình Quới, Bình Lập, Bình Tâm, An Vĩnh Ngãi, Lợi Bình Nhơn, Phước Tân Hưng, Phú Ngãi Trị, Khánh Hậu.

Sau ngày giải phóng hoàn toàn miền Nam 1975, tỉnh quyết định tách 2 xã Lợi Bình Nhơn và Khánh Hậu về huyện Thủ Thừa,

Năm 1976, thị xã Tân An được thành lập trên cơ sở tách toàn bộ diện tích và dân số của xã Bình Lập (ngày nay là các phường 1, 2, 3, 4 và 1 phần phường 7, tp Tân An)

Quyết định 54-CP[3] ngày 11 tháng 3 năm 1977 của Hội đồng Chính phủ sáp nhập huyện Châu Thành với huyện Tân Trụ, lấy tên là huyện Tân Châu.

Quyết định 298/CP[4] ngày 19 tháng 9 năm 1980 của Hội đồng Chính phủ đổi tên huyện Tân Châu thành huyện Vàm Cỏ.

Ngày 14 tháng 1 năm 1983, chuyển 2 xã An Vĩnh Ngãi và Bình Tâm về thị xã Tân An quản lý.

Quyết định 36/HĐBT[5] ngày 4 tháng 4 năm 1989 của Hội đồng Bộ trưởng chia lại huyện Vàm Cỏ thành 2 huyện cũ là Tân Trụ và Châu Thành.

Quyết định số 549-HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng ngày 31 tháng 8 năm 1992 chia xã Dương Xuân Hội thành hai đơn vị hành chính lấy tên là xã Dương Xuân Hội và thị trấn Tầm Vu.

Từ đó, huyện Châu Thành có 1 thị trấn và 12 xã như hiện nay.